新ボスの追加！
ビル・デゴラス
今まで発見されてこなかったモンスターで新種と思われている！
とても凶暴でブレスの威力が高く脅威となる。
SEED・ヘルガ
新キャラクターであるヘルガが変身したのが、SEED・ヘルガ。
ヴィヴィアン
マルチエンディングの１つにヴィヴィアンと対戦することになる
結末がある模様。
前作からの変更点
２つのモードでキャラを共有
ファンタシースターポータブルでは、ストーリーモードとマルチモードで
キャラクターを共有します！
ドロップアイテムの変更点
前作とは違ってファンタシースターポータブルの場合、
ドロップアイテムが現物のアイテムのみとなります。
また、マルチモードで入手したレアアイテムは全員に配られるため
全員が仲良くレアアイテムを手にすることできるようになっています！
ミッションカウンターが使いやすく！
ミッションカウンターが各惑星ごとに１つに統合されたため
ミッションを受けるのが楽になっている。
また、シティやショップが２Ｄで表現されるようになったため
操作が手軽になって快適にプレイできるようになった。
武器の強化が必ず成功する！
今作（ファンタシースターポータブル）では、必ず武器の強化が
成功するようになった。
ただし、強化の度合いはランダムとなっている。
